La Oficina de Nagoya está organizada en cuatro áreas: Capacitación, Investigación, Servicios de Información y Asuntos Generales.

La Oficina de Capacitación supervisa la capacitación como centro de todas las actividades del UNCRD, y busca alianzas más amplias con otras agencias bilaterales y multilaterales de asistencia y cooperación.

La Oficina de Investigación adelanta actividades de investigación, como apoyo a la capacitación dentro del contexto del medio ambiente y la seguridad humana. Los investigadores son movilizados para participar en programas de capacitación, como conferencistas y personal de apoyo.

La Oficina de Asuntos Generales comprende: Servicios Administrativos, que supervisa las funciones de personal, presupuestales, contables y otras funciones administrativas del UNCRD; Operación de Sistemas, que facilita la capacitación ampliada mediante el uso del Internet; Servicios de Información que incluye las funciones de Publicaciones y Biblioteca del UNCRD; y Asuntos Externos, que promueve la colaboración con la comunidad local como elemento crucial para promover el desarrollo regional.

Adicionalmente, la Oficina para la Planeación de Gestión de Desastres de Hyogo del Centro, situada en Kobe, se concentra en los aspectos relacionados con la gestión de desastres, y adelanta varios proyectos para la reducción del impacto de los desastres integrando el proceso de reconstrucción de Hyogo y de otras áreas afectadas por desastres, en los países en desarrollo.

Con el ánimo de expandir el alcance de sus actividades se crearon las oficinas regionales en África y América Latina y el Caribe

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