Frente al desafío que le imponen los objetivos que se ha propuesto, el Centro ha adaptado sus operaciones a los constantes cambios. La actual estructura operativa busca un mejor balance entre el desarrollo económico y el medio ambiente en el nivel regional.

El UNCRD cuenta con cuatro oficinas: la oficina principal localizada en Nagoya, Japón, una oficina especializada en asuntos de planeación y gestión en situación de desastres en Hyogo, Japón y oficinas regionales localizadas en Nairobi, Kenia, y en Bogotá, Colombia, para responder a las necesidades de los países de África y de América Latina y el Caribe, respectivamente.

El personal del UNCRD está compuesto por expertos nacionales, internacionales, expertos asociados, investigadores, asistentes de investigación, y personal administrativo y de operaciones. Un Comité Asesor multidisciplinario se reúne periódicamente y hace recomendaciones sobre la política general y la orientación de las actividades del Centro.

El UNCRD tiene también un programa de pasantías dirigido a estudiantes de postgrado que deseen participar como voluntarios en las actividades de investigación, capacitación y asuntos generales de sus oficinas.